Πραγματοποιήθηκε στα γραφεία της Ελληνικής Ποδοσφαιρικής Ομοσπονδίας η κλήρωση της φάσης των "16" του Κυπέλλου Ελλάδος Γυναικών, με τη συμμετοχή, για πρώτη φορά στη φετινή διοργάνωση, των ομάδων της Α΄ Εθνικής κατηγορίας.
Στη διαδικασία συμμετείχαν 11 από τις 12 ομάδες της Α΄ Κατηγορίας (δεν έλαβε μέρος η Δόξα 2016 η οποία έχει παραιτηθεί από όλες τις διοργανώσεις) καθώς και οι ομάδες που προκρίθηκαν από την 2η φάση. Οι αναμετρήσεις θα διεξαχθούν στις 26/03, πλην του αγώνα Μύκονος ή Σαπφώ - ΠΑΟΚ, που θα διεξαχθεί στις 29/03. Τα ζευγάρια που προέκυψαν είναι τα ακόλουθα.
Νέες Ατρομήτου - Καστοριά
Αχαρναϊκός - Κηφισιά
Άρης - Παναθηναϊκός
Αστέρας Τρίπολης - Θεώνη Τρίκαλα
ΑΟ Ρέα - Αγία Παρασκευή
Μύκονος ή Σαπφώ - ΠΑΟΚ
ΑΣ Τριάντων Ιαλυσού - ΟΦΗ
* Στην επόμενη φάση προκρίθηκε άνευ αγώνος η ομάδα της ΑΕΚ.